Sintrainagro nació como persona jurídica en la segunda parte de la década de los años 70 (1978) en el departamento de Santander; en su momento no logró trascender, y aunque inactivos, conservaron su personería jurídica.

En la subregión de Urabá, en la década del 60 nacieron algunos sindicatos en el sector bananero, entre ellos, Sintrababano en 1964, Sintagro en 1971 y Sindijornaleros en 1978. Estos tres sindicatos empezaron a tener logros muy importantes a partir del año 1985, logrando afiliar a miles de trabajadores bananeros y así encabezar importantes luchas que cambiaron radicalmente las condiciones económicas, sociales y laborales de los trabajadores bananeros, al punto de consolidarse entre los sindicatos más importantes a nivel nacional. El sector bananero se convierte, desde el punto de vista rural, en el sector sindical más avanzado.

En 1987 se pasa de la negociación individual a la negociación unificada de los pliegos, este hecho contribuye a fortalecer lazos de unidad y a la construcción del proceso de unidad en Sintrainagro. Igualmente, en 1987 se logra establecer y normalizar la jornada laboral de 8 horas en el sector bananero en la región de Urabá.

En el año 1988, después de un paro cívico, el gobierno nacional decide suspender la personería jurídica de estos sindicatos. Ante esa realidad, y ante la necesidad de una negociación de convenciones que se venía para el año 1989 y dado en ese vacío que quedaba ahí para poder avanzar e iniciar esas negociaciones, se toma la decisión por parte de esto sindicatos de fusionarse en uno que tenía personería jurídica, que era Sintrainagro. Es así como estos sindicatos se vinculan a Sintrainagro y este empieza a ganar un nombre a nivel nacional a partir de esa fusión.

La historia de Sintrainagro se puede mirar desde dos puntos: desde el punto de vista de personería jurídica y también desde el punto de vista como actor social, de la lucha de los trabajadores agrarios empezó en 1989 y hereda la lucha de los sindicatos que luego se unieron a él.

Hechos trascendentales en la historia de Sintrainagro:
Gracias al proceso de unidad que se dio en la CUT, con la influencia de procesos que se dieron en Centro América, el sector sindical en Colombia dejó el sectarismo y se entendió que trabajando de manera unida se sacaban adelante los procesos de unidad entre actores políticos sociales que buscaban objetivos comunes.

Otro hecho importante y tal vez la batalla política más importante de los trabajadores fue el paro que se dio en agosto de 1988 en contra de la carnetización de parte de la jefatura militar que era un empadronamiento que buscaba controlar la movilización de las personas al interior de las fincas, que fue en un paro de 15 días que finalmente los trabajadores ganaron ese pulso

 
Líderes
Sintagro: Guillermo Rivera, Alirio Guevara,
Sintrababano: Oliverio Molina, Antonio Espitia
Jornaleros: Euclides Gómez, Fernando Pérez, Hernán Correa, Amin Palacio

Presidentes de la época:
Carlos Durango, Domingo Tapia, Moises Arrojo, Argemiro Correa, Rafael García, Alirio Guevara, Hernán Correa, Alberto Angulo, Obdulio Palacio.